”Fanny & Alexander” on tarina 1900-luvun alun aikaisesta ruotsalaisesta perhe-elämästä ja eritoten tarina kahdesta lapsesta, Fannysta ja Alexanderista.

Fannyn ja Alexanderin perhe elää hulluttelevaa näyttelijäelämää, kunnes isä kuolee ja lasten elämä muuttuu. Äiti menee pian isän kuoleman jälkeen naimisiin ankaran, askeettista ja puritaanista elämää elävän piispan kanssa. Lapset muuttavat äidin mukana piispan kolkkoon kotiin.

Talo on kuvattu pelottavaksi, askeettisesti sisustetuksi ja tunnelmaltaan hyvin kylmäksi. Lapset elävät ikään kuin vankina. Ikkunoissa on ristikot karkaamisen estämiseksi ja lasten elämä on hyvin rajoittunutta. Piispa alistaa lapsia ja vaimoaan henkisesti, hän muun muassa rankaisee Alexanderia ”tuhmuudesta” piiskaamalla häntä, Fannyn ja muun talon väen katsellessa.

Viimein lapset pääsevät pois äitinsä sukulaisen auttamana. Piispa ei anna vaimolleen avioeroa eikä lakikaan salli tämän ottaa eroa ilman miehensä suostumusta. Epätoivoisena vaimo aiheuttaa miehensä kuoleman myrkyttämällä hänet.