Alphadia Genesis kertoo eeppisestä seikkailusta, jossa Fray ja hänen tutkijaryhmänsä Archleignin kuningaskunnasta lähtevät selvittämään salaperäistä murhatapausta läheisessä kaupungissa. Alustavien tutkimusten jälkeen Frayn ja hänen kumppaniensa seuraan liittyy Ghalzabine-kuningaskunnan edustajia.

Tämä aiheuttaa jännitteitä, sillä Archleignin ja Ghalzabinen kuningaskunnilla on ollut epämiellyttävä suhde kloonien aiheuttaman "Energi-sodan" jälkeen 15 vuotta ennen yhteistä tutkimusta.

Käänteitä ja käänteitä on luvassa, kun Fray ja hänen tutkijakollegansa huomaavat pian, että tähän tapaukseen saattaa liittyä muutakin kuin mitä silmä näkee...