Soul Hackers tarjoaa ensimmäisen persoonan, luolastoja ryömivän roolipelikokemuksen, joka sijoittuu tulevaisuuteen, jossa teknologia ja tuonpuoleiset voimat kohtaavat makaaberissa kyberpunk-futurismin ja goottilaisen kauhun yhdistelmässä. Ensimmäisen persoonan sci-fi-RPG-eepos Soul Hackers kertoo kaupungista, jota pidetään ihmiskunnan teknologian riemuvoiton majakkana, mutta jolla on helvetillinen salaisuus. Tässä mahdollisessa utopiassa joukko hakkereita ottaa yhteen vuosisatoja vanhan mystisen yhteiskunnan kanssa, ja taistelu ihmiskunnan kohtalon hallinnasta on alkamassa.

Shin Megami Tensein klassisen perinteen mukaisesti pelaajilla on koko luolastojen tutkimisen ajan pakottava mahdollisuus valita, taistelevatko he kohtaamiaan vihollisdemoneja vastaan vai neuvottelevatko he niiden kanssa yrittäessään muuttaa ne liittolaisiksi ja joukkuetovereiksi. Soul Hackersin Nintendo 3DS -painos tuo japanilaisen klassikon pelaajien ulottuville parannuksilla, kuten 30 uudella demonilla, uudella avausanimaatioelokuvalla ja teemakappaleella, parannetuilla kontrolleilla ja nopeammilla latausajoilla. Lisäksi pelaajat voivat käyttää 3DS:n alaruutua automaattisena karttatoimintona ja ottaa käyttöön COMP Hackin vaihtaakseen vaikeustasoa lennossa ja täyttääkseen karttoja kävelemättä läpi. Kun peli on selvitetty aluksi, Soul Hackersin 3DS-versio tarjoaa myös ylimääräisen luolaston, jossa pelaajat todistavat aiemmista Devil Summoner -peleistä tutun Raidou Kuzunohan ilmestymistä.