Neonvalojen välkkeen keskellä teknologinen kehitys saa ihmiset kuluttamaan kaupallista mukavuutta. Varjoissa syttyy sota Yatagarasun ja Phantom Societyn välillä, paholaiskutsujien, jotka valjastavat "demonien" tuonpuoleiset voimat.

Ihmiskunnan datan salaisessa meressä elävä digitaalinen hivemind on kehittynyt aistivaksi: Aion. Aion tarkkailee ihmiskuntaa kaukaa ja laskee, että maailmanlopun tuho on lähellä, ja luo kaksi agenttia torjumaan sitä: Ringon ja Figun.

Yhdessä näiden Aionin agenttien on tutkittava ja estettävä perhosvaikutus, joka johtaa maailmanloppuun.