Fate Seeker II:n tarina kertoo Zhuge Yusta, kapinallisesta nuorukaisesta, jonka vankkumaton päättäväisyys johdattaa hänet läpi haastavien kasvu- ja kapinapolkujen. Zhuge Yu menetti vanhempansa ollessaan nuori. Perheensä surullisen menetyksen polttoaineena hänen sydämensä palaa vahvasta oikeudenmukaisuuden tunteesta. Vanhempiensa rohkeuden innoittamana korruptiota vastaan hän lupaa saada roistot maksamaan teoistaan. Zhuge Yu kunnioittaa esi-isiensä hyviä tekoja ja on päättänyt puhdistaa maan korruptiosta ja kohdata epärehelliset virkamiehet.