Palaa vielä kerran Gamindustrin maailmaan, jossa vapaan maailman rikollinen Arfoire on kukistanut Gamindustrin neljä CPU:ta.Nyt on heidän nuorempien sisartensa tehtävä vapauttaa heidät vankeudesta.Nepgear, Planeptunuksen CPU-kandidaatti ja Neptunuksen nuorempi sisar, lähtee IF:n ja Compin kanssa etsimään Gamindustrin vaurautta, pysäyttämään Arfoiren luoman pahan syndikaatin ja vapauttamaan sisarensa! Matkallaan halki maailman Nepgear kohtaa uusia ja vanhoja ystäviä, tapaa muita CPU-kandidaatteja ja hoitaa kaikki hirviöt, jotka ovat hänen tiellään tässä klassisessa JRPG-tarinassa hyvä vastaan paha!