Fobia on mukaansatempaava jännitys- ja tutkimusmatka, joka alkaa rappiollisesta hotellista, jota hallitsee teknisesti kehittynyt lahko. Tämä lahko saarnaa tieteen ja uskonnon liitosta ja tekee salaa ihmisten parantamiskokeita, joihin liittyy geneettisiä muutoksia ja rinnakkaistodellisuuksia.

Menneisyys, nykyisyys ja tulevaisuus törmäävät toisiinsa skenaariossa, joka on täynnä arvoituksia, mysteerejä ja salaliittoja. Tällä totuutta etsivällä matkalla pelaajan on tutkittava eri maailmoja kameran avulla ja puolustettava itseään hirviömäisiltä olennoilta, jotka vaanivat hotellin käytävillä, ja taisteltava selviytymisestä.