Galaksienvälinen palkkionmetsästäjä Samus Aran vastaanottaa hätäsignaalin hylyttyneestä fregatista, joka on Tallon IV -planeetan kiertoradalla. Tutkittuaan fregatti paljastuu avaruuspiraattien tutkimusalukseksi, jossa tehdään kauhistuttavia geneettisiä kokeita salaperäisellä Phazon-aineella. Siellä Samus kohtaa vihollisensa Meta Ridleyn, jota hän jahtaa Tallon IV:n pinnalle. Samusin tehtävänä on yksin tutkia planeetan toisiinsa liittyviä alueita, tutkia sen synkkiä salaisuuksia ja lopettaa Phazonin aiheuttama galaksienvälinen uhka.

Koe tämä kriitikoiden ylistämä ensimmäisen persoonan seikkailu ennennäkemättömällä tavalla uusittujen grafiikoiden, äänimaailman, ohjauksen ja muiden ominaisuuksien ansiosta.