Lähtölaskenta on alkanut! Sinulla on vain kolme päivää aikaa pelastaa Terminan maa tuhoutumasta sen oman kuun toimesta, jota salaperäinen paha voima vetää pois kiertoradaltaan! Linkin on elettävä nämä päivät yhä uudelleen ja uudelleen ja kerättävä maagisen Ajan laulun avulla tiedot ja taidot, joita hän tarvitsee ratkaistakseen Majora's Maskin mysteerin.

Tässä eeppisessä seikkailussa Linkille annetaan maagisia naamioita, jotka auttavat häntä hänen etsinnässään. Muuntaudu Deku Scrubiksi, Goroniksi ja Zoraksi ja käytä niiden kykyjä lentää ilmassa, rullata maata pitkin tai uida meressä!