Ninja Turtles:New York on vaarassa, koska Silppuri ja hänen kätyrinsä Jalkaklaani hallitsevat kaupunkia ja pitävät kaikkea tiukasti otteessaan, myös poliisia ja poliitikkoja.Mutta neljä sankaria (Leonardo, Michelangelo, Donatello ja Raphael) nousee viemäreistä ja yrittää pelastaa kaupungin reportteri Aprilin ja hänen työtoverinsa Vern Fenwickin avulla.Ninja Turtles Out of the Shadows Leonardo, Raphael, Michelangelo ja Donatello palaavat varjoista suojelemaan New Yorkin katuja.Jälleen kerran ninjakilpikonnien on kohdattava paha Silppuri (Brian Tee), joka kuolemasta paettuaan palaa ilkeän suunnitelman kanssa voittaakseen neljä supersankaria.Tavoitteen saavuttamiseksi roisto on kidnapannut tiedemies Baxter Stockmanin (Tyler Perry) T.C.R.I.:stä saadakseen käsiinsä juoman, joka teki kilpikonnien mutaation mahdolliseksi.Lisäksi ja taistellakseen riveissään Silppuri värvää kaksi kätyriä:mutanttiolennot Bebop ja Rocksteady, sarvikuonon ja villisian muodossa, tavoitteenaan tuhota ninjakilpikonnat.