Persona 5 on peli, joka kertoo vaikeuksissa olevien lukiolaisten - päähenkilön ja hänen tarinassaan tapaamiensa maanmiesten - sisäisistä ja ulkoisista ristiriidoista. He elävät kaksoiselämää Phantom Thieves -nimellä.

Heillä on tyypillinen tavallinen tokiolaisen lukiolaisen arki - he käyvät tunneilla, harrastavat koulun jälkeen ja tekevät osa-aikatöitä. Mutta he toteuttavat myös fantastisia seikkailuja käyttämällä tuonpuoleisia voimia tunkeutuakseen ihmisten sydämiin. Heidän voimansa tulee Personasta, Jungin käsitteestä minästä.

Pelin sankarit tajuavat, että yhteiskunta pakottaa ihmiset käyttämään naamioita suojellakseen sisäistä haavoittuvuuttaan, ja kirjaimellisesti repimällä suojanaamionsa pois ja kohtaamalla sisäisen minänsä sankarit herättävät sisäisen voimansa ja pyrkivät sen avulla auttamaan hädänalaisia.

Viime kädessä Phantom Thieves -ryhmä pyrkii muuttamaan jokapäiväistä maailmaansa vastaamaan heidän käsitystään ja näkemään nyky-yhteiskunnan käyttämien naamioiden läpi.