Seljanmarja on tunnettu lääketieteessä muinaisista ajoista lähtien. Hippokrates ylisti sen terveyttä edistäviä ominaisuuksia ja piti sitä "elämän puuna". Nykyään mustaseljanmarjaa käytetään valtavasti myös lääketieteessä. Mustaseljanmarja sisältää runsaasti arvokkaita ravintoaineita, kuten antosyaaniglykosideja, pektiinejä, tanniineja, hedelmähappoja, vitamiineja (erityisesti paljon C-vitamiinia ja A-provitamiinia) sekä mineraalisuoloja (kalsiumia, kaliumia, natriumia, alumiinia ja rautaa).

Seljanmarja on yksi veren puhdistumista tukevista hedelmistä. Sitä voidaan käyttää vieroituslääkkeenä ja se auttaa poistamaan haitallisia aineenvaihduntatuotteita ja myrkkyjä kehosta. Seljanmarjoja käytetään myös mahan ja suoliston tulehduksiin sekä lisäkivunlievityksenä hermokivussa ja iskiaskivussa.