Sonic, Knuckles ja Tails yhdistävät jälleen voimansa kohdatakseen uuden voimakkaan vastustajan, Shadow’n, salaperäisen vihollisen, jolla on ennennäkemättömiä kykyjä. Kun heidän taitonsa eivät riitä, Team Sonicin täytyy etsiä epätodennäköinen liittolainen.