Michelangelo, Donatello, Leonardo, ja Raphael palaavat elokuvateattereihin tänä kesänä kohdatakseen entistäkin isompia ja häijympiä pahiksia, rinnallaan April O’Neil (Megan Fox), Vern Fenwick (Will Arnett) ja uusi tulokas, lätkämaskin takana piileskelevä kostaja Casey Jones (Stephen Amell). Superroisto Silppuri karkaa vankilasta ja yhdistää voimansa hullun tiedemiehen Baxter Stockmanin (Tyler Perry) ja hänen kahden vajaaälyisen kätyrinsä Bebopin (Gary Anthony Williams) ja Rocksteadyn (WWE Superstar Stephen “Sheamus” Farrelly) kanssa toteuttaakseen pirullisen suunnitelmansa maailman valloittamiseksi. Kun turtlesit valmistautuvat kohtaamaan Silppurin ja hänen uudet rivimiehensä, he törmäävät vieläkin viheliäisempään ilkiöön jolla on samansuuntaiset aikeet: pahamaineiseen Krangiin.