2000-luvulla loistava Neo-Tokio on noussut Tokion raunioista. Tokion tuhosi nuoren Akiran aiheuttama apokalyptinen telekineettinen räjähdys. Akira on salaisen hallituksen epäonnistuneen kokeen kohde, joka on nyt vangittuna kolme vuosikymmentä jäädytetyssä horrostilassa. Mutta Tetsuo, epävakaa nuori, jolla on omat valtavat paranormaalit kykynsä, on tehnyt jotain uskomatonta: Hän on vapauttanut Akiran ja käynnistänyt tapahtumaketjun, joka voi jälleen tuhota kaupungin ja vetää maailman Harmageddonin partaalle.