Laytonin perheessä pulmien ratkaiseminen on perhejuttu! Professori Hershel Layton on kadonnut, ja niinpä hänen tyttärensä Katrielle, kirkas ja eloisa nuori nainen, jolla on kyky paljastaa totuus, vaikka vihjeet olisivatkin hataria, nousee keskiöön. Seikkailuissa hänen seuraansa liittyy värikkäitä hahmoja, kuten Oliver Marchence, nuori opiskelija, joka toimii hänen avustajanaan, ja Sherl, puhuva koira, joka aloittaa Katriellen ensimmäisenä asiakkaana ja josta tulee nopeasti hänen uskollinen kumppaninsa.