Tarina alkaa 6. helmikuuta 2036, kun tietokoneiden sekoamiseen liittyvä onnettomuus tuhoaa monia suuria kaupunkeja ympäri maailmaa. Massiivinen katastrofi nimetään vuoden 2036 ongelmaksi, mutta ennustetaan, että samanlainen onnettomuus tapahtuu vuonna 2038. Niinpä joukko tiedemiehiä luo Gaia-supertietokoneen avulla maapallosimulaattorin estääkseen sen tapahtumisen, mutta epäonnistuvat, koska ihmisten syntyvyys on laskenut dramaattisesti.

Sitten tiedemiehet ottavat käyttöön Arecibon viestikaavan Maasimulaattorissa, ja ihmiskunta siirtyy onnistuneesti toiseen maailmaan. He ovat aluksi innoissaan, kunnes huomaavat, että Maan simulaattorissa olevat ihmiset ovat itse luoneet toisen Maan simulaattorin. Tiedemiehet alkavat epäillä, että he ovat itse asiassa vain sellaisten olentojen Maasimulaattorin tuote, joiden asema on heidän yläpuolellaan.

Tarinan keskiössä on Takaoka Pollon, hakkeri, jolla on kyky tallentaa ja ladata kuten videopeleissä. Hakkerointilaukaisujärjestelmänsä avulla hän voi puuttua ympärillään olevaan maailmanlinjaan.