Red Alert 3:ssa tuhoon tuomitun Neuvostoliiton epätoivoinen johto matkustaa ajassa taaksepäin muuttaakseen historiaa ja palauttaakseen Äiti-Venäjän loiston. Aikamatkustustehtävä menee pieleen ja luo vaihtoehtoisen aikajanan, jossa teknologia on kehittynyt täysin eri tavalla, uusi supervalta on noussut maailman näyttämölle ja kolmas maailmansota on käynnissä. Nousevan auringon valtakunta on noussut idässä, joten kolmas maailmansota on kolmikantataistelu Neuvostoliiton, liittoutuneiden ja valtakunnan välillä, ja sen armeijoilla on käytössään outoja ja ihmeellisiä aseita ja teknologioita, kuten Tesla-käämejä, raskaasti aseistettuja sotalentokoneita, teleportaatiota, panssaroituja karhuja, älykkäitä delfiinejä, kelluvia saaristolinnoituksia ja muuntuvia tankkeja.

Red Alert 3 esittää kysymyksen Mitä jos? Mitä jos jokainen viimeisten 70 vuoden aikana toteutettu outo tutkimushanke ja teknologiakokeilu olisi todella kantanut hedelmää? Entä jos Philadelphian koe, aikamatkateoria, teleportaatio, näkymättömyys, Tesla-teknologia ja sata muuta kiehtovaa tutkimushanketta olisivat kaikki tuottaneet tulosta ja menneet valtavirtaan? Entä jos Neuvostoliitto olisi selvinnyt ja kukoistanut, miltä se näyttäisi 10 vuoden kuluttua? Entä jos Japanin keisarikunta ei olisi koskaan kaatunut, vaan siitä olisi tullut äärimmäinen huipputeknologian sotilaallinen suurvalta? Lopputuloksena on mielikuvituksellinen ja leikkisä visio vaihtoehtoisesta tulevaisuudesta, joka on täynnä mahdollisuuksia.