Megacity S1-9:n huipulta hallitsee Suvereeni Khan rautaisin nyrkein ja lihalla. Kaupungin mätänevien perustusten alla kostonhimoinen soturi aloittaa matkan murhatakseen hänet. 5 vuotta ennen Slave Zero -tapahtumia sijoittuva Slave Zero X herättää uuteen eloon maailman, jossa kauhistuttavat, elävät koneet, orjat (Slaves), ovat valmiina tulemaan uusimmiksi sodankäynnin välineiksi ihmiskunnan pitkässä ja verisessä historiassa. Salainen soturijoukko, Vartijat (The Guardians), toivoo estävänsä näiden biomekaanisten olentojen pääsyn maailmaan, mutta yhdellä heidän joukossaan olevalla miekkamiehellä on toinen ajatus: käyttää vihollisen omaa asetta heitä vastaan. Yhdistymällä varastetun orjayksikön prototyypin kanssa Shousta tulee raivoisa paholainen, joka pyrkii tappamaan väärän Jumalan.