Vuonna 1615 uusi shogun nousee valtaan Japanissa ja pyrkii tuomaan rauhan valtakuntaan. Taistellessaan kapinaa vastaan hän värvää viisi erikoisasiantuntijaa, joilla on poikkeukselliset taidot salamurhien, sabotaasin ja vakoilun tekemiseen. Yksi osa tätä tiimiä on Hayato, ketterä ninja, joka raivaa tietä vihollistensa läpi äänettömästi miekalla ja shurikenilla. Samurai Mugen on hieman suoraviivaisempi ja pystyy joustavuuden kustannuksella voittamaan useampia vastustajia kerralla. Aiko on naamioinnin mestari harhauttaessaan vihollisia geishana, ja katulapsi Yuki asettaa ansoja ja houkuttelee vihollisia kohti tappavaa kohtaloa. Takuma taas luottaa tarkka-ampujakivääriinsä ja hoitaa viholliset etäältä.

Tässä reaaliaikaisessa taktiikkapelissä pelaajan on arvioitava tarkkaan vaihtoehtojaan selvitäkseen haastavista tehtävistä: miten hahmot käyttäytyvät tiiminä? Kumpi on parhaiten varustautunut kuhunkin tehtävään? Miten he hallitsevat annetut ympäristöt parhaiten? Keksi omat nerokkaat taktiikkasi vihollisten kukistamiseksi ja tehtävien suorittamiseksi.