Heart of the Woods on fantasia-yuri-visuaalinen romaani, joka kertoo paranormaaleista tutkimuksista, muinaisista mysteereistä ja kahden tytön välisestä rakkaudesta, joka ylittää elämän ja kuoleman rajat.

Maddie Raines on saanut tarpeekseen. Vuosien ajan hän on toiminut managerina, toimittajana ja yleisenä liiketoiminnan hoitajana parhaan ystävänsä Taran suositulle paranormaaleja ilmiöitä käsittelevälle vlogikanavalle, mutta nyt hän on vihdoin valmis siirtymään eteenpäin omassa elämässään. Kun hän kuitenkin suostuu lähtemään Taran kanssa viimeiselle matkalle salaperäiseen Eysenfeldin kylään, hän joutuu yhtäkkiä vaaralliseen yliluonnolliseen kriisiin, joka muuttaa molempien elämän suunnan ikuisesti. Outo nuori nainen nimeltä Morgan on luvannut heille kiistattoman todisteen todellisista paranormaaleista ilmiöistä, ja se, mitä hänellä on tarjottavanaan, peittää kaiken, mitä he ovat koskaan ennen nähneet.

Kaikista kolmikon todistamista outoista tapahtumista yksi kuitenkin kiehtoo Maddieta tavalla, jota hän ei ole ennen kokenut: nuoren naisen aave. Nainen on Abigail, vuosisatoja vanhan vääryyden uhri, joka on nyt ikuisesti sidottu Eysenfeldia ympäröivään metsään. Abigail tuntee selittämätöntä vetovoimaa Maddieen ja paljastaa itsensä toiselle henkilölle ensimmäistä kertaa yli 200 vuoteen.

Kun Tara ja Morgan tutkivat kylää ympäröiviä mysteerejä, Maddie alkaa muodostaa Abigailin kanssa siteen, joka kasvaa voimakkaammaksi kuin mikään aiemmin tuntemansa side. Kun hän saa tietää totuuden Abigailin kuolemasta ja vankeudesta, hän tajuaa, että hänen ja ystäviensä tehtävänä on murtaa Eysenfeldia vuosisatojen ajan hallinnut kirous. Mutta vielä tärkeämpää on, että hänen tehtävänään on lopulta vapauttaa rakastamansa nainen.