Ketään ei pakoteta liittymään kulttiin. Se toivottaa sinut tervetulleeksi. Se ymmärtää sinua. Se ympäröi sinut, kunnes sanoista tulee enemmän kuin totuus - ne tekevät sinusta kokonaisen. 1970-luvun lopulla karismaattiset Isaac ja Rebecca Walker johtavat Collective Justice Mission -järjestöä. Radikaaleiksi leimattuja ja Yhdysvaltain hallituksen vainoamia, he siirtävät kannattajansa paikkaan, jossa he uskovat voivansa luoda sosialistisen utopian: Etelä-Amerikan viidakoihin. Sinne he rakentavat Freedom Townin. Yhdysvaltoihin jääneet sukulaiset alkavat kuitenkin huolestua: mitä tällä viidakkoalueella oikein tapahtuu? The Church in the Darkness yhdistää ainutlaatuisen kerronnan ja tiukan ylhäältä alaspäin suuntautuvan toiminta- ja soluttautumispelin avoimessa ympäristössä.

Vicinä, entisenä lainvalvontaviranomaisena, matkustat Etelä-Amerikkaan päästääksesi Freedom Towniin ja tarkistaaksesi veljenpoikasi Alexin voinnin. Voit pelata miten haluat - voit välttää paljastumisen kokonaan, taistella vartijoita vastaan ei-tappavin menetelmin tai tappaa kaikki tiellesi tulevat. Mutta sinun on elettävä näiden valintojen seurausten kanssa. Jokainen läpipeluukierros tarjoaa ainutlaatuisia pelisuunnitelmia ja tarinallisia elementtejä, erilaisia hahmopersoonallisuuksia ja vaihtelevaa tarinaa, joka kerrotaan tutkimusten ja toiminnan kautta. Imeydy tarinaan kaupungin kaiutinjärjestelmän kautta, jossa saarnaajat jakavat dogmejaan ja uskomuksiaan. Löydä leiriin siroteltuja asiakirjoja ja kirjeitä, jotka paljastavat Freedom Townin todellisen luonteen.