Seuraa Jaden Yukia ja hänen ystäviään Duel Academyssä heidän kohdatessaan uusia uhkia Yu-Gi-Oh! GX:n kolmannella kaudella. Tämä animoitu sarja vuodelta 2017, jossa ääninäyttelijänä Hatsuki Tsuji, on luokiteltu PG ja toimitetaan 6 DVD-levyllä. Koe jännittäviä kaksintaisteluja ja mystisiä seikkailuja Alue 2 -muodossa.